过氧化苯甲酰的作用机理尚不完全明了，但认为主要是由于它对痤疮丙酸杆菌有杀菌能力。另外，用过氧化苯甲酰治疗的病人表现出脂质和游离脂肪酸降低和轻度脱屑（干燥和脱皮）作用，同时粉刺和痤疮皮损减少。其在皮肤科多用于对局部痤疮的治疗，尽量不要私自应用，应在医生明确是否为适应症的情况下遵医嘱应用，另外尽量从小剂量开始，以免浓度过大对正常皮肤造成损害。