因自体脂肪填充过程复杂，常见的危害有：取脂肪部位及填充脂肪的部位出现凹凸不平，填充部位脂肪吸收过快，达不到理想预期，医生操作不当或经验不足可能致使脂肪细胞进入血管导致血栓风险，填充脂肪部位因脂肪填充过多可能出现硬结、钙化。

自体脂肪充填后出现硬结，多数考虑可能是充填脂肪量过多或脂肪充填过于浅表引起的。脂肪充填量过多时，因局部血供不好会引起局部脂肪细胞出现坏死，从而引起局部脂肪出现硬结。如果脂肪充填过浅，局部肌肉或血管受损引起皮下出血从而形成血肿，血肿吸收不全就会形成硬结。脂肪充填后局部出现硬结时，可以使用毛巾进行局部的热敷，有利于局部硬结更好的吸收。