肛门镜检查可以发现肛门及直肠下部的疾病，方法是将带芯子的肛门镜涂上润滑油，先用芯子按摩肛缘，嘱患者深呼吸，将肛门镜指向脐孔方向，缓慢的插入肛门，通过肛管后，再将肛门镜指向骶尾部，插进直肠内，拔出芯子进行观察。它的意义是可以查看直肠黏膜颜色，注意有无溃疡，息肉，肿瘤以及异物等。查看直肠瓣的状态。肛门镜退到齿线上方可以查看有无内痔。在肛管的上方查看有无肥大的肛乳头和发炎的肛窦，瘘管的内口等。