患有肛门直肠脓肿的患者经常在肛门或直肠区域出现剧烈的持续性疼痛。越是浅表的肛周脓肿疼痛越剧烈。当肛周脓肿位于比较深的部位，主要症状表现发烧、疲乏、无力等全身表现。极少数情况下，较深的肛周脓肿得不到有效的治疗，可以出现感染性休克。有时候，脓肿自行破溃，疼痛和全身症状会有效缓解。这种自行破溃不是疾病自愈，而是形成了肛瘘。肛瘘不能有效治疗，会出现肛周脓肿反复发作。