结肠炎的治疗目前主要靠药物治疗，常用的药物包括抗感染药，中药，止痛止泻药，激素类，免疫抑制剂及分析类药物。抗感染药一般常用的是美沙拉嗪和柳氮磺吡啶等。中成药效果较好的有固本益肠片及补脾益肠丸等。止疼止泻药，6-542，思密达，易蒙停等。病情较重的结肠炎可选择激素类和免疫抑制剂。另外也可外用局部栓剂，灌肠颗粒等。