凡事均有弊有利。做肠镜检查是肠道疾病诊断的金标准，也是某些肠道疾病的治疗方法，包括肠道炎症、肠道肿瘤等疾病的诊断；肠息肉摘除、肠扭转复位等治疗。肠镜检查的主要危害是肠穿孔，其它的还有:肛管裂伤、粘膜裂伤、牵垃反射、肠出血、肠胀气等。不常见的还有药物过敏，医源性感染，这是由于一些小医院、不负责任的医师未做到一人一镜一消毒而引起的。