功能性消化不良可以服用一些促进消化和增强蠕动的药物。增强胃肠动力的药物包括多潘立酮、莫沙比利。促进消化的药物包括复方消化酶胶囊、胰酶片、复方阿嗪米特肠溶片、益生菌、乳酶片、多酶片等等。器质性消化不良，还需要针对病因进行治疗，最常见的还是胃病所引起的，可以选用质子泵抑制剂、H2受体阻滞剂、胃黏膜保护剂、制酸剂等。如埃索美拉唑、雷尼替丁、铝碳酸镁、氢氧化铝凝胶等。存在幽门螺旋杆菌感染时，还应当联合质子泵抑制剂、胶体铋剂和抗生素口服。