尖锐湿疣的治疗主要是局部清除疣体，通常使用的方法是激光、冷冻，或者外用药物如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等。尿道口因位置隐蔽，可操作空间小，故此处尖锐湿疣的治疗相对困难，而且初发的小的疣体以及亚临床感染灶不容易被发现，所以容易反复发作。常用的冷冻和激光不适合，冷冻很容易因局部水肿导致排尿困难，而激光的创面也很容易继发细菌感染而愈合缓慢。咪喹莫特乳膏和鬼臼毒素酊更可能导致尿道内黏膜大面积的溃疡。目前对于尿道口、宫颈、阴道及肛周的尖锐湿疣，比较理想的方法是光动力疗法。光动力疗法的原理是光敏剂能选择性的与hpv感染组织结合，经光源照射后，产生单线态氧，单线态氧聚集于增生活跃的病灶，包括临床感染病灶和亚临床、潜伏的病灶，并破坏病灶，从而起到治疗作用。相比于传统治疗方法，光动力疗法清除率高，复发率低，对于尿道皮损，不会造成尿道狭窄、黏连及瘢痕形成。