病毒性食管炎主要是由于病毒感染所造成的，最主要的是单纯疱疹病毒感染，此外巨细胞病毒也可以造成，但是非常少见。正常人群很少罹患这种疾病，主要见于机体免疫力低下的人群，如恶性肿瘤，免疫功能紊乱，放化疗，应用激素治疗，艾滋病，大面积烧伤，长期使用非甾体抗炎药，器官移植应用免疫抑制剂以及慢性消耗性疾病如肝硬化，肾病综合征，糖尿病等患者。