女性在做药物流产以后的后遗症有：1.药流不全宫腔残留时，可以引起阴道不规则出血或者出血已经停止之后，再次发生出血。部分女性可以伴有下腹部疼痛。2.阴道出血时间长，量多，有发生血性贫血，引起头晕乏力等症状。3.术后，机体抵抗力差，诱发感染，引起腹痛，阴道脓性分泌物出现。有的女性伴有体温升高。4.月经周期紊乱，或者阴道不规则出血。