常见的副作用是消化道症状，有上腹痛、腹泻、便秘或腹胀，有感染高危因素的患者应用PPI，可有发生胃肠道艰难梭菌感染可能。其他不常见的副作用有：头痛、头晕、恶心或视力减退，瘙痒、皮疹等过敏反应。长期使用可影响钙的吸收，增加骨折风险。有可能增加院内获得性肺炎的发生，可以影响维生素和铁的吸收，对早期妊娠和胎儿也有一定的影响。