高密度脂蛋白胆固醇，可将沉积在血管壁的胆固醇逆向转运到肝脏而去除，因此它是一种保护因子，有抗动脉粥样硬化的作用。临床上常用，高密度脂蛋白和低密度脂蛋白的比值，来衡量冠心病的发病倾向，高密度脂蛋白降低，见于脑血管疾病，糖尿病，肝炎，肝硬化等。高甘油三酯血症，往往伴有着低的高密度脂蛋白胆固醇，肥胖者高密度脂蛋白胆固醇也是偏低的，吸烟也可以使高密度脂蛋白胆固醇下降。