早晨起床时眼睛水肿的原因可能如下：1.过敏性结膜炎，以眼睛发红、明显瘙痒为特征，表现为眼睑和结膜发红或水肿、乳头增生、角膜缘胶质增生，多发生于接触尘螨、毛绒玩具、花粉等可疑过敏原后。此时，应避免可疑过敏原，并应使用抗过敏眼药水。第二，急性传染性结膜炎的特征是眼睛发红、流泪或有大量粘脓分泌物，这些大多是由病毒或细菌感染引起的，应使用抗生素或抗病毒眼药水治疗；第三，有些病人早上会反复出现眼睑水肿，而那些没有其他症状的病人应该去内科做进一步检查，排除全身性相关疾病。