生殖器疱疹的治疗，常选用阿昔洛韦或伐昔洛韦等抗病毒性药物，少数人会出现一定的副作用。注射用药副作用主要表现为：注射部位的炎症或静脉炎，皮肤瘙痒或荨麻疹。长期口服用药可能会出现关节疼痛，腹泻，头痛，恶心，呕吐，眩晕等。短程用药副作用相对较少，个别人会有食欲减退。万事都是一分为二的，用药有一定的风险，并不是完全无益，生殖器疱疹疾病本身对人体的影响远远超过药物的影响，应权衡利弊，在医生指导下合理用药。