乙肝病毒不能根治的原因有很多，首先乙肝病毒在肝细胞内进行复制的，因此如果需要杀死乙肝病毒药物，药物需要进入肝细胞内才能起到作用。此外，乙肝病毒在肝细胞内形成超螺旋的DNA结构，只要有少量的DNA残留就可以以此为模板进行复制，很容易造成复发。另外乙肝具有完整的蛋白外壳，具有很强的自我保护能力，一般的药物很难清除。最重要的一点是乙肝病毒容易发生变异，很容易出现耐药性，造成原来敏感的药物无效。