早期和彻底治疗是根治肺脓肿的关键。主要针对于感染的细菌，选用敏感的抗生素。感染的细菌包括大多数是厌氧菌，可以选用青霉素。脆弱类杆菌可以用林可霉素，或者是氯林可霉素或者甲硝唑。嗜肺军团杆菌，可以使用红霉素。全身用药的基础上，用局部治疗，环甲膜穿刺，鼻导管，气管内或纤维气管镜滴药，可以用青霉素,滴药后，根据肺脓肿的部位，采取适当体位静卧一个小时。还可以经过雾化吸入治疗，也可以经过纤维支气管镜冲洗吸引，进行痰液引流排除。针对于支气管肺癌者，慢性肺脓肿内科治疗三个月以上无效，感染不能控制，并发有支气管扩张，脓胸，支气管胸膜瘘，大咯血危及生命，需要做外科治疗。