胆总管囊肿的手术方式主要是胆肠吻合术，由于已经失去了oddis括约肌的功能，因此容易造成肠液食物残渣返流进入胆总管，从而引起反复发作的胆管炎，而胆管炎又可以造成胆总管结石的形成。此外长期反复发作的胆管炎还有可能诱发胆管癌，这些主要是胆总管囊肿手术的后遗症。在临床上可以表现为反复的发热，食欲减退，消化不良，营养不良，消瘦，贫血，腹痛，恶心呕吐，腹胀等。