患儿首发症状主要是呕吐，典型病例是在生后吃奶、大小便正常，生后2-3周出现进行性喷射性呕吐，发生与每次奶后10-30分钟。呕吐物主要为奶汁或奶凝块，不含胆汁，有酸味。部分患儿呕吐物为咖啡色，是由于胃食管反流继发食管炎导致食管黏膜损伤出血，或呕吐严重致胃黏膜损伤出血；少数宝宝生后即吐，偶有延迟7-8周出现呕吐者，患儿虽多次呕吐，但食用亢进，有饥饿感，吃奶迅速有力。