对于肝门区的脓肿，首先应当选用敏感的抗菌药物联合应用，由于脓肿主要是革兰氏阴性杆菌引起的，常见的有大肠杆菌，屎肠球菌。因此多选用第三代头孢菌素联合抗厌氧菌的药物，如头孢哌酮舒巴坦联合奥硝唑。如果效果欠佳，还应当根据细菌培养结果，选用敏感的抗菌药物进行治疗，必要时还需要升级抗菌药物，比如说应用亚胺培南西司他丁钠，对于脓肿液化明显可以考虑彩超或者CT定位下穿刺引流，同时向脓腔内注射抗菌药物进行冲洗，一般可以取得很好的效果，但在穿刺过程中应当避免损伤第一肝门内的门静脉，肝动脉以及肝总管等。