牙根位于牙龈的下方，正常情况下是看不到的。你说的牙根发黑，估计指的是可以看到的最接近牙根的部位，也就是临床上称为牙颈部的这个位置。这个部位发黑，有可能是牙结石过多引起的，也有可能是龋齿引起的。需要到医院口腔科当面详细检查一下具体情况。如果是牙结石的话建议洗牙清除牙结石，如果是龋齿的话，建议到口腔牙体牙髓科就诊补牙才行。