巧克力囊肿的病因暂时还不明确，临床中比较公认的原因主要是经血逆流，使得子宫内膜的腺体或间质在卵巢种植，异位到卵巢的子宫内膜到了月经期也会出现剥脱出血，血液和剥脱的子宫内膜不能经过子宫，宫颈，阴道排出体外，只能在局部堆积，从而形成卵巢巧克力囊肿。如果巧克力囊肿不及时治疗，囊肿会越来越大，从而出现破裂或恶变的可能，所以发现巧克力囊肿一定要积极的治疗。