碱性磷酸酶本身不会引起危害，引起危害的是引起碱性磷酸酶偏高的疾病。临床上引起碱性磷酸酶偏高的原因比较多，有生理性因素如妊娠和骨折愈合期，只要进行适当的食物调整，如避免进食高脂油腻食物，一般可以恢复正常。而引起碱性磷酸酶偏高的病理性原因最常见于肝胆系统疾病，如梗阻性黄疸，病毒性肝炎，肝癌，肝硬化，胆汁淤积性肝炎，原发性硬化性胆管炎，先天性胆道闭锁等等，此外，佝偻病，软骨病，骨质疏松，骨恶性肿瘤，恶性肿瘤，骨转移，甲状腺功能亢进，乳腺癌，肺癌，卵巢癌，白血病等也可以引起碱性磷酸酶偏高，其中恶性肿瘤危害最为明显，影响患者生存期，可以造成患者早期死亡。