巧克力囊肿如果不治疗会导致以下情况发生。第一个会影响到性生活怀孕导致女性的不孕。第二个就是月经期间会有疼痛。第三个是相对最危险的，因为巧克力囊肿虽然属于子宫内膜异位症的一种但是会有异常的增生、浸润转变为恶性肿瘤的一个风险引起卵巢癌的高发，所以综合上述三点特别是第三点那么还是建议及早进行手术治疗根治避免引起严重的并发症不良反应。