卵巢囊肿的治疗需根据囊肿的大小、患者年龄等综合因素来判断。绝大多数年轻患者的卵巢囊肿为生理性，在卵巢排卵后会自动消失，无需治疗。如果囊肿持续存在，则考虑病理性，一般以卵巢浆液性囊腺瘤最多见，其他如卵巢成熟性畸胎瘤、巧克力样囊肿、卵巢粘液性囊腺瘤等等，这些都为良性肿瘤，通常生长缓慢，可能几个月到几年才长1cm，妇科肿瘤标志物多正常或轻度升高。如果囊肿在4cm以下，可观察或中医治疗。如超过4cm，则建议手术，一般推荐腹腔镜手术，年轻患者可选择囊肿剔除术，绝经后患者可选择单附件切除。卵巢囊肿也有一小部分是恶性的，通常在囊肿里还有实性成份，一般直径较大，且生长较快，特别是在短期内迅速增大的，同时肿瘤标志物明显升高的，应高度怀疑恶性，需尽快手术。可做腹腔镜探查或剖腹探查，术中如高度怀疑恶性肿瘤，需行单侧附件切除，防止术中肿瘤破裂。在手术中行快速冰冻切片以明确良恶性。