您好，您说的第二次根管治疗应该是杀死牙神经后进行扩张牙髓根管来做填充根管前的准备。如果第一次埋药的时候已经能够充分杀死所有的牙神经了，那么第二次扩张牙髓根管的时候就不会有疼痛。但是如果第一次埋药后没有充分杀死牙神经，还有牙神经具有活性，那么第二次钻开牙髓根管的时候如果钻头接触到有活性的牙神经时，还是会有剧烈疼痛的，但是这种情况一般比较少，如果出现这种情况，可以叫停医生并埋第二次药，第三次来的时候就不会再疼了。

做完根管治疗仍有疼痛不适的现象，需要及时拍片检查，排除是否有根管治疗没有完全彻底所造成的，或者还有残疾的根管，根管弯曲钙化，很难彻底清除干净。建议及时到正规医院的口腔科复诊，重新治疗检查，等平时还需保持口腔的清洁卫生。如果疼痛不适难忍的情况，还可以观察一下，因为做完治疗后，牙齿的修复还有一个过程需要1~2个星期左右。

在进行根管治疗的第二次时也会疼的。医生往往需要用器械清理根管，病人就会出现术后疼痛，疼痛程度也因人而异，通常服用消炎或止痛药可缓解，局部出现肿痛应告知医生处理。建议去正规医院检查就诊，日常注意口腔的清洁卫生，如果情况不是逐渐的加重，可采取观察的方法。