第一，牙髓未清理干净，根管治疗时根管清理不彻底，根管内仍残留有活力的牙髓，在机械损伤、药物刺激和炎症等因素的综合作用下产生疼痛。第二，根管遗漏，牙齿根管系统非常复杂，某些牙位根管常有变异，若在根管治疗过程中有某个根管被遗漏了而没有完成完善的根管治疗，则可能成为病灶，导致残髓炎或根尖周炎。第三，细菌感染是导致牙髓炎、根尖周炎的主要原因，根管消毒效果欠佳，根管内仍残留较多细菌，可导致根管治疗失败。
