到目前为止，导致儿童孤独症的原因，还不是十分的明确。大多数认为与遗传因素，家庭因素，环境因素，社会因素，以及出生前后的缺血缺氧性脑损伤等综合因素有关。遗传因素，在孤独症的发病中，占的比例比较高。有孤独症患者的家庭比没有孤独症患者家庭发病的几率也高，同时单卵双胎引起的孤独症发病率较，其他的家庭也高。家庭的教育方式，以及父母的文化程度，在孤独症的发病当中，也占有一定的比例。宫内的缺氧损伤，或者出生时、出生后的缺氧导致的脑损伤，也会是孤独症的发病率，较其他儿童有所增加。其他的比如，社会环境因素的影响、与人相处的方式以及周边人群的歧视等，都是诱发，或者加重孤独症发生的常见的原因之一。