消化不良的治疗最主要的是针对病因进行处理。临床上引起消化不良最常见的原因是消化系统疾病，不同类型的消化系统疾病采取的治疗方案也是不一样的。比如说慢性胃炎和消化性溃疡，首先应当根治幽门螺旋杆菌，可以选用质子泵抑制剂联合抗生素，同时还可以配合口服促动力药物如多潘立酮、莫沙比利。而对于乙型病毒性肝炎和乙肝后肝硬化的患者，还应当根据乙肝病毒DNA定量、转氨酶、肝纤化指标等综合判断是否需要进行抗病毒治疗，同时应当给予清淡易消化饮食。对于慢性胰腺炎所造成的消化不良，可以考虑口服胰酶片。对于胃肠功能紊乱所造成的消化不良,可以考虑口服益生菌来调节肠道菌群功能。而对于甲状腺功能减退以及缺铁性贫血所造成消化不良,还应当考虑口服左甲状腺素钠片、硫酸亚铁或者富马酸亚铁进行针对性治疗。