系统性红斑狼疮临床症状多样，早期症状往往不典型，全身多脏器多系统都会出现症状和体征。常见的受到累及的部位包括皮肤粘膜：会出现典型的蝶形红斑，盘状红斑，甲周红斑等。浆膜炎的表现会出现胸腔积液，腹腔积液。肌肉骨骼关节的表现会出现关节的肿痛，会出现肌痛，肌无力。肾脏的受累，是系统性红斑狼疮几乎每个患者都会出现的，但是只有本部分患者会出现临床表现。心血管系统会出现心包炎，心肌受累，心律失常，瓣膜受累等。肺脏会出现肺间质纤维化，严重者会出现肺泡出血。神经系统会表现为神经精神性狼疮：会出现头痛，性格改变，认知障碍，重者会出现脑血管意外，昏迷，癫痫持续状态等。消化系统会表现为腹痛，腹泻，恶心，呕吐等。血液系统会出现血红蛋白下降，白细胞和血小板减少等。